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È professore all'Istituto Universitario Europeo e titolare della Cattedra Mediterranea al Robert Schuman Centre for Advanced Studies dal settembre 2009. In anni passati è stato direttore di ricerca al Centre national de la recherche scientifique (CNRS) francese e professore sia alla School for Advanced Studies in the Social Sciences (EHESS) sia all'Istituto di studi politici di Parigi (IEP). Dal 1984 è consulente al ministero degli Affari Esteri francese. Nel 1988 Roy ha lavorato come consulente anche dell'Ufficio delle Nazioni Unite, incaricato di coordinare i soccorsi in Afghanistan (UNOCA). A partire dall'agosto 1993 Roy è stato uno dei rappresentanti dell'Organizzazione per la Cooperazione e lo Sviluppo Economico (OCSE) in Tagikistan fino al febbraio 1994 quando fu eletto capo missione OCSE in Tajikistan, posto che ha retto fino all'ottobre 1994.

Roy ha ricevuto un'"Agregation" in Filosofia e un Master in Lingue e civiltà persiane nel 1972 presso l'Institut National des Langues et Civilisations Orientales francese. Nel 1996 ha conseguito il PhD in Scienze Politiche dall'IEP.

Roy ha scritto numerosi libri su Iran, Islam e politica asiatica, tra cui: Globalized Islam: The search for a new ummah, La Turquie aujourd'hui, un pays européen? (la Turchia d'oggi, un paese europeo?) ed Les Illusions du 11 septembre. Le débat stratégique face au terrorisme (Le illusioni dell'11 settembre. Il dibattito strategico di fronte al terrorismo).

Il suo libro più noto è L'Echec de l'Islam politique ("Il fallimento dell'Islam politico") , del 1996, un libro di testo standard per gli studenti di Islamistica.