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Nathaniel Hawthorne nacque il 4 luglio 1804 a Salem, Massachusetts, dove la sua casa natale è oggi un museo. Fu il secondogenito di Nathaniel Hathorne ed Elizabeth Clarke Manning, che ebbero altre due figlie. William Hathorne, che emigrò dall'Inghilterra nel 1630, fu il primo degli antenati di Hawthorne a giungere nelle colonie. Il figlio di William, John Hathorne, fu uno dei giudici del processo alle streghe di Salem (fu forse proprio in relazione alla pesante eredità dell'avo che lo scrittore decise di aggiungere la lettera "W" al proprio cognome, quasi a prenderne le distanze). Il padre, Nathaniel Hathorne Senior, era un capitano di Marina che morì di febbre gialla nel 1808 a Surinam, nella Guiana Olandese, quando Hawthorne aveva solo quattro anni. Nel 1818 la madre dello scrittore si trasferì a Raymond, nel Maine, e portò con sé i tre figli. In quelle terre ancora selvagge Hawthorne passò gran parte del suo tempo a contatto con la natura, ma dopo un anno fu rimandato a Salem perché iniziasse la preparazione agli studi superiori.

Hawthorne frequentò il Bowdoin College di Brunswick, nel Maine, mantenuto da uno zio dal 1821 al 1824, ed ebbe come compagni Henry Wadsworth Longfellow, John Brown Russwurm, futuro governatore della contea di Maryland in Liberia, Horatio Bridge e il futuro presidente Franklin Pierce. Nel 1825, conseguita la laurea, fece ritorno a Salem. Nel 1836 ottenne il posto di redattore presso l'American Magazine of Useful and Entertaining Knowledge di Boston, dove rimase per circa sei mesi. Prima della pubblicazione dei Racconti narrati due volte del 1837, Hawthorne scrisse nell'oscurità di quello che chiamava il suo "nido di gufo", nella casa familiare. Ripensando a quel periodo della sua vita, scrisse: "Non vivevo, ma sognavo di vivere".

Hawthorne fu assunto nel 1839 alla Dogana di Boston. L'anno precedente si era fidanzato con l'illustratrice trascendentalista Sophia Peabody (1809-1871). In cerca di un alloggio per sé e per Sophia, nel 1841 entrò nella comunità trascendentalista di Brook Farm; che lasciò però quello stesso anno, insoddisfatto dell'esperimento (l'esperienza di Brook Farm gli ispirò il romanzo Il romanzo di Valgioiosa). Sposò Sophia nel 1842, e con lei si trasferì nella Old Manse a Concord, dove vissero per tre anni. Vi scrisse la maggior parte dei racconti di Muschi da una vecchia canonica. Ralph Waldo Emerson e Henry David Thoreau erano loro vicini.

Nel 1846 Hawthorne fu nominato supervisore alla Dogana di Salem. Come il suo incarico precedente a Boston, questo impiego era soggetto alla politica detta spoils system. Le sue simpatie per i democratici gli fecero perdere il lavoro in seguito al cambio di amministrazione a Washington dopo le elezioni presidenziali del 1848. La carriera di romanziere di Hawthorne iniziò nel 1850 con La lettera scarlatta, nella cui prefazione si accenna ai tre anni trascorsi nella Dogana di Salem. Il romanzo, pubblicato nel mese di marzo, vendette 2.500 copie in tre giorni; nel mese di aprile uscì una seconda edizione. Seguirono poi i romanzi La casa dei sette abbaini (1851) e Il romanzo di Valgioiosa (1852). Dal 1851 Hawthorne fu in grado di vivere con i proventi dei suoi scritti.

Nell'agosto del 1850 Hawthorne si stabilì a Lenox, nella contea di Berkshire, poco distante da Pittsfield, dove Herman Melville aveva acquistato una fattoria. I due si incontrarono e divennero subito amici; l'autore di Moby Dick diede ad Hawthorne diverse prove della sua grande ammirazione, dedicandogli il grande romanzo che pubblicò l'anno successivo, paragonandolo a Shakespeare.

Nel 1852 lo scrittore redasse la biografia per la campagna elettorale dell'amico Franklin Pierce. Con l'elezione di Pierce a presidente, Hawthorne fu nominato nel 1853 console degli Stati Uniti a Liverpool. Nel 1857, allo scadere dell'incarico, la famiglia Hawthorne viaggiò in Francia e in Italia, per ritornare a Concord nel 1860, anno in cui fu pubblicato il romanzo Il fauno di marmo. La salute malferma gli impedì di terminare diverse opere letterarie. Morì nel sonno il 19 maggio 1864, a Plymouth, New Hampshire durante una gita alle White Mountains con Pierce. Fu sepolto nello Sleepy Hollow Cemetery di Concord, Massachusetts.

Nathaniel e Sophia Hawthorne ebbero tre figli: Una (1844-1877), Julian (1846-1934), e Rose (1851-1926). Una soffriva di una malattia mentale e morì giovane. Julian fu scrittore anche lui di romanzi e racconti e curò qualche opera del padre, scrivendo anche una biografia su di lui e sulla famiglia. Rose sposò George Parsons Lathrop e si convertì al cattolicesimo. Dopo la morte del marito, divenne suora domenicana e fondò l'ordine delle Dominican Sisters of Hawthorne per l'assistenza delle vittime di mali incurabili.