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Defoe nacque nel borgo londinese di Stoke Newington. Suo padre, James Foe, era un membro della società dei macellai, ma mercante di candele; Daniel modificò il proprio cognome da "Foe" al più aristocratico "Defoe" intorno al 1703, arrivando in alcune occasioni a dichiarare di essere un discendente della famiglia De Beau Faux.

La famiglia di Defoe era di credo presbiteriano dissenziente; egli fu mandato a scuola all'accademia dissenziente di Stoke Newington Green, diretta da Charles Morton (in seguito vicepresidente di Harvard); qui non seguì studi classici ma si dedicò a discipline come l'economia, la geografia e le lingue straniere. Daniel, contro la volontà del padre, scelse di non diventare pastore presbiteriano e di dedicarsi agli affari. In questo ramo ebbe un grande successo, e poté sposare Mary Tuffley, figlia di un cattivo mercante, ottenendo una dote di 3 700 sterline, e da cui ebbe sette figli.

Convinto sostenitore della causa liberale, nel 1685 Defoe si schierò con il Duca di Monmouth (figlio illegittimo, protestante, di Carlo II), che osteggiava il legittimo erede al trono e fratello di Carlo, il cattolico Giacomo II. Nel 1688 prese posizione dalla parte di Guglielmo d'Orange quando questi si scontrò con il suocero Giacomo (che intendeva instaurare una monarchia assoluta e mettere in atto una politica di pulizia religiosa analoga a quella di Luigi XIV in Francia).

Nel 1692 Defoe finì in bancarotta, pagando il disastro economico anche con la prigione. Riuscì a risollevare le proprie condizioni finanziarie con attività disparate: una fabbrica di mattoni, un servizio di consulenza per il governo, e qualche pubblicazione come saggista. I saggi di Defoe, di natura politica ed economica, contenevano raccomandazioni all'avanguardia: suggerivano, tra l'altro, la creazione di una banca centrale (divenuta realtà nel 1694), di un sistema pensionistico, di società di assicurazioni, nuove leggi sulla bancarotta.