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La rivista nasce dopo il crollo del Muro di Berlino in un periodo caratterizzato da straordinari cambiamenti dal punto di vista geopolitico. Fondatore della rivista è Lucio Caracciolo, che ne viene nominato direttore. Nata bimestrale, dal 2013 è diventata mensile.  Dal novembre 1996 la Gallimard ha pubblicato anche la versione francese della rivista, continuata poi per qualche numero dalla Golias dal 1999.

Limes si basa sull'incrocio di competenze e approcci diversi e si occupa dei grandi temi di attualità internazionale. Alla rivista collaborano studiosi (storici, geografi, sociologi, politologi, giuristi, antropologi) e decisori (politici, diplomatici, militari, imprenditori, manager). Oltre ai numeri della rivista, sul sito vengono pubblicate analisi di attualità internazionale che non compaiono tra gli articoli dell'edizione cartacea. Nella rubrica gratuita Il mondo oggi  vengono quotidianamente analizzati i fatti più importanti della giornata in chiave geopolitica.

Dal 2014 la rivista organizza annualmente al Palazzo Ducale di Genova il Festival di Limes^[, una tre giorni di dibattiti e seminari in cui gli esperti della rivista affrontano con ospiti italiani e internazionali tematiche che toccano i rapporti fra le nazioni, in particolare quelle di maggior impatto sull'Italia.

Dal 2020 Limes organizza inoltre a Trieste Le Giornate del Mare, evento nato in occasione dell'uscita del numero L'Italia è il mare^[ per favorire la riflessione e il dibattito sulla centrale importanza geostrategica del Mediterraneo e delle vie marittime per l’Italia, con la partecipazione di decisori, di analisti e della Marina Militare