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Rivista bimestrale nata con il sottotitolo "Le ragioni della sinistra", ha sempre rivendicato l'appartenenza a «una sinistra dichiaratamente eretica e radicalmente libera da appartenenze di partito» e ha sempre voluto essere uno «strumento per pensare e per cambiare, contro i conformismi dominanti». Il suo motto, che nel trentennale dalla fondazione diventa anche un sottotitolo fisso della testata, è: "Per una sinistra illuminista".

Pubblica a cadenza quasi annuale un Almanacco di filosofia e un Almanacco di scienza. Dal 2008 ha anche una edizione online e dal 2022 una newsletter settimanale in abbonamento (MicroMega+).

Rivista sempre anche politicamente militante, si è caratterizzata per il suo sostegno alla magistratura, alle inchieste di “Mani pulite” contro la corruzione, all’azione della procura di Palermo contro la mafia. Nel 2002 pubblica un numero speciale per i dieci anni di “Mani Pulite”, la cui presentazione al Palavobis di Milano diventa la prima di un’ondata di manifestazioni contro Berlusconi. Sostenitrice di una laicità intransigente ma sempre aperta al dialogo franco, nel 2000 un altro numero speciale, “Dio esiste?” è stato presentato con una controversia al teatro Quirino di Roma tra l'allora cardinal Ratzinger e il direttore Flores d'Arcais.

Nel 2006 diviene per un anno mensile e dal 20 febbraio al 20 aprile 2006, in coincidenza delle elezioni politiche del 2006, è pubblicata in otto numeri settimanali con la testata (già sperimentata in precedenza nel 2001) La primavera di MicroMega.

Nel marzo del 2013 MicroMega lancia una raccolta di firme (primi firmatari Vittorio Cimiotta, Andrea Camilleri, Paolo Flores d'Arcais, Dario Fo, Margherita Hack, Franca Rame, Barbara Spinelli) con la richiesta di dichiarare ineleggibile Silvio Berlusconi per la questione del conflitto d'interessi in riferimento alla legge 361 del 1957, riprendendo l'iniziativa portata avanti già nel 1994 e nel 1996 da altri comitati.

Fra gli autori che hanno scritto per MicroMega figurano Umberto Eco, Norberto Bobbio, Susan Sontag, Angela Davis, Andrea Camilleri, Paul Auster, Michael Walzer, Barbara Spinelli, Abraham Yehoshua, Ralf Dahrendorf, Richard Rorty, Massimo Cacciari, Jürgen Habermas, Paul Ricœur, Judith Butler, Marc Augé, Manuel Vázquez Montalbán, Jonathan Franzen, Antonio Tabucchi, Stefano Benni, Noam Chomsky, Roberto Esposito, Barbara Ehrenreich, Zygmunt Bauman, Fernando Savater, Margherita Hack, Telmo Pievani.

Il 13 dicembre 2020 GEDI Gruppo Editoriale annuncia la cessazione della pubblicazione del periodico.^[8] A marzo 2021 la testata viene ceduta da GEDI alla Micromega Edizioni impresa sociale SRL, una società controllata al 99% da Paolo Flores d’Arcais, che ne annuncia con una newsletter il ritorno nelle edicole. In tale occasione, il periodico rinnova il proprio sito internet e lancia un nuovo prodotto digitale, un approfondimento settimanale a pagamento chiamato MicroMega+.  Dal gennaio 2022 la rivista non è più in vendita nelle edicole; continua a essere venduta nelle librerie e sul sito web della rivista, nel quale si possono acquistare sia le copie singole sia gli abbonamenti (cartacei o digitali).

Il 14 novembre il direttore Paolo Flores d'Arcais annuncia la nomina di Cinzia Sciuto, già caporedattrice della rivista, a condirettrice.